John Flynn begann seine Filmkarriere als Lehrling von Regisseur Robert Wise bei Odds Against Tomorrow und arbeitete als Script Supervisor bei West Side Story. Danach arbeitete er als zweiter Regisseur bei Kid Galahad, Two for the Seesaw und The Great Escape. Sein Debüt als Regisseur gab er mit The Sergeant, in dem Rod Steiger die Hauptrolle spielte. Sein nächster Film war Die Akte Jerusalem, der kaum bekannt ist.
Flynns größter kommerzieller Erfolg war The Outfit mit Robert Duvall in der Hauptrolle. Seine größte anhaltende Kultpopularität erreichte er mit dem düsteren Rachethriller Rolling Thunder mit William Devane und Tommy Lee Jones in den Hauptrollen. Seine nachfolgenden Filme sind ebenfalls solide und lohnenswert, darunter das aufregende städtische Selbstjustiz-Opus Defieance, der grandiose Best Seller, das solide Sylvester-Stallone-Gefängnisdrama Lock Up, das überdurchschnittliche Steven-Seagal-Actionvehikel Out for Justice und der raffinierte Virtual-Reality-Horrorausflug Brainscan mit Edward Furlong und Frank Langella in den Hauptrollen.
In den 1990er Jahren führte Flynn auch bei zwei Fernsehfilmen Regie: Nails, ein Dennis-Hopper-Cop-Film und Scam, ein Kriminaldrama. Sein letzter Film war der Direct-to-Video-Film Protection, bevor er am 4. April 2007 im Alter von 75 Jahren starb. Er war Mitglied der Academy of Motion Picture Arts and Sciences (Directors Branch).
